由日本國立情報學研究中心(National Institute of Informatics) 製作，收錄主題包括人文科學、法律、經濟學、理學、工學、農學、 醫學等日文期刊(Journal)或大學學刊(Bulletin)，現已收錄超過1250萬筆資料，其中約320萬筆直接附有全文，另廣納多種管道串聯外部全文，主要資料來源如下：
● NII-ELS：全名Electronic Library Service，由NII製作，收錄日本300個學會的7000種學術期� �，以及來自800所大學院校的5800種大學學刊，總文獻量超過350萬筆。提供全文或摘要，部分標示“有料”全文需額外加入會員付費觀看。
●CJP：全名Citation Database for Japanese Publications，由NII製作，選錄NII-ELS資料庫中，約1700種自然科學領域的學術期刊，將各篇文章的參考文獻建檔，提供這些文獻間引用、被引用關係的查詢，參考文獻回溯年份� �一，最早回溯至1992年。
●NDLJPI：日本國家圖書館製作的期刊文獻資料庫，收錄近2萬種全國學術期刊、大學學刊、以及來自核心出版社的專業雜誌，總文獻量超過770萬筆，僅提供書目資料。
●JAIRO：由NII製作，整合日本超過130所大學之機構典藏系統，資料量超過77萬筆。CiNii收錄JAIRO內的93個單位中期刊、學刊類型中附有全文的資料，總文獻量超過33萬筆。
●J-STAGE、Journal@rchive：由Japan Science and Technology Agency (JST)製作，收錄超過500種日本各領域之公開取用電子期刊，部份經JST同意的文獻會被收錄於CiNii中，總文獻量約9萬筆。
●其他全文管道：部分資料透過CrossRef、醫中誌等管道作全文串聯，但能否開啟全文則視所在單位是否具使用權而定。
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